Nicéphore Soglo rétablit le vaudou pour se concilier les pouvoirs traditionnels et fait du 10 janvier de chaque année la Journée nationale du vaudou. Cependant les ajustements structurels et la compression des dépenses publiques recommandées par le FMI viennent raviver le mécontentement général de la population. De plus, les trafics clandestins traditionnels s'épanouissent au grand jour (whisky à n'en plus finir, essence, ciment, voitures…) 
 
Après avoir perdu sa majorité au sein de l'Assemblée législative, le président Nicéphore Soglo, accusé de népotisme par ses adversaires, est battu par Mathieu Kérékou à la présidentielle du 17 mars 1996. C'est un choc pour Nicéphore Soglo qui après avoir crié au complot, envoie ses félicitations à Mathieu Kérékou et s'en va méditer plus de quatre mois, hors d'Afrique, les raisons de ses erreurs fatales. 
 
Démocratiquement, Mathieu Kérékou est de retour sur la scéne politique béninoise, après avoir dirigé le pays pendant quatorze années (de 1975 à 1990) dans le fiasco politique et économique de la désormais ancienne "république populaire du Bénin". 
 
Les élections législatives de mars 1999 donnent de justesse la victoire à la Renaissance du Bénin (RB), le mouvement de l'opposition dirigé par Rosine Soglo, épouse de l'ancien président Nicéphore Soglo. Ces élections marquent l'échec du Mouvement Africain pour la Démocratie Et le Progrès (MADEP), le Parti d'un des proches du Président Kérékou, l'homme d'Affaires Séfou FAGBOHOUN. 
 
Cependant, en mars 2001, Mathieu Kérékou est réélu président de la République avec 84,06% des voix. Arrivé en tête au premier tour, face à son prédécesseur Nicéphore Soglo, il sera confronté au désistement de ce dernier ainsi qu'à celui des deux autres candidats, qui qualifiérent le scrutin de « mascarade ». 
 
Terni par des soupçons de fraudes électorales et âgé de soixante-sept ans, Mathieu Kérékou entame donc un second mandat consécutif dans des conditions économiques fragiles.