Depuis 2001, les difficultés économiques n'ont cessé de s'amplifier au Bénin, que ce soit dû aux difficultés économiques du Port autonome de Cotonou, au choc pétrolier, à la crise du secteur du coton, à la contrebande très étendue, aux personnels administratifs trop nombreux ou encore aux graves crises d'électricité créées par les sécheresses. Le Bénin est dans une période économique difficile que seule l'agriculture, très diversifiée parvient à maintenir compétitif face à ses voisins. 
 
C'est ainsi que lors des élections de mars 2006, les Béninois ont décidé d'exprimer leur "ras-le bol" et que le novice en politique, l'ancien président de la Banque ouest africaine de développement(BOAD), le Dr Boni Yayi succède à la surprise générale à Mathieu Kérékou avec 75% des suffrages (notons un taux de participation fort de 76%) 
 
Mathieu Kérékou qui a refusé de changer la Constitution pour pouvoir se représenter, n'en était pas moins opposé à Boni yayi, trop novice à son goût. 
 
En effet, à quelques jours des résultats l'ancien président, surnommé le caméléon, a plongé le pays dans le doute, en affirmant publiquement que lors du déroulement de l'élection il y avait eu des dysfonctionnements dans l'organisation, avec des problèmes de listes électorales et de cartes d'électeur. 
 
Malgré cela, la coordination des observateurs internationaux indépendants s'est félicitée au cours d'une conférence de presse à Cotonou, du déroulement du second tour de l'élection présidentielle au Bénin, jugeant qu'il avait été de "très bonne tenue.